ולמרות כל התכונות החיוביות יש כמה דברים שחשוב לשים לב אליהם ולהיזהר מפניהם לפני שניגשים להבריק את כל הבית בעזרת חומץ.
בראש ובראשונה חשוב לזכור שחומץ כשמו כן הוא, הוא חומצה, וחומצה כידוע עלולה לאכל חומרים שונים, לכן ניקיון בתים עם חומץ מצריך זהירות יתרה.
ואכן חומץ עלול לפגוע ולהזיק למגוון חומרים ומשטחים כגון: שיש, רובה, בטון ואפילו רצפות פסיפס.
(ואולי זו הסיבה שבגללה אבני שיש רומאיות הן מחוספסות ולא מבריקות)
הבעיה עם החומץ נפוצה כל כך מסיבה פשוטה, שבטווח המיידי הוא מנקה נפלא והנזק אינו נגלה לעין, אלא רק לאחר זמן ממושך.
וזאת בגלל שהחומצה מאכלת את פני המשטח, ובכל ניקיון היא גורמת שריטות וסדקים מקרוסקופיים, היוצרים בלאי של פני השטח וה"כיסים קטנים" שצוברים בהדרגה לכלוך וחיידקים, שבפועל יוצרים כתמים ואף השחרה של פני המשטח. ולכן לעיתים קרובות נדמה כי הגימור של משטחים פשוט "התבלה " ההבדל נגלה לעין תחת זכוכית מגדלת, שבעזרתה ניתן להבחין בצורת בלאי האופיינית לפגיעת חומצה.
זאת הסיבה מדוע צריך לבחון היטב אם המשטח אותו אתם מעוניינים לנקות עמיד לחומצה.
במידה וכבר נעשה הנזק למשטח אותו אתם מנקים ישנם מספר שיטות שעל ידם ניתן "לטפל" בבעיה, השיטות הנפוצות הן חומרים המיועדים לטיפול בבעיות מסוג זה (לדוגמא colorseal) או ליטוש והסרת השכבה הפגועה דבר המאפשר למשטח לחזור באופן מידי לברק הטבעי שלו.